Megan Fox föddes i Oak Ridge som ligger i Tennesee, USA. Megan är dotter till Gloria Darlene och Frankling Thomas Fox. Megan levde i ett strikt hem som influerades starkt av pingstkyrkans värderingar. Föräldrarna skiljde sig när Megan var ung och hennes mamma gifte så småningom om sig med Tony Tonachio. Megan och hennes syster bodde med sin mamma och styvpappa. Fox har själv sagt att hennes föräldrar var alldeles för strikta och att hon inte var tillåten att bjuda hem vänner eller att ha en pojkvän. Hon bodde hemma tills hon hade nog med pengar för att kunna försörja sig själv och flyttade då ut illa kvickt.
Megan gick i en katolsk skola i 12 år. Hon började öva drama och dans när hon var 5 år gammal i Kingston. När Fox var 10 år gammal flyttade familjen till St. Petersburg i Florida. Där fortsatte Megan sin skådepelar och dansträning. När hon var 13 år gammal så började hon som modell och vann flera priser vid American Modeling and Talent convention i Hilton Head 1999. När Megan var 17 studerade hon på distans då hon flyttade till Los Angeles. Fox har talat väldigt öppet om sin skoltid, då hon blev mobbad i mellanstadiet och retad till en sådan grad att hon brukade äta sin lunch i badrummet för att undvika att få ketchupförpackningar kastade på henne. Hon har själv sagt att hon inte blev retad för sitt utseende och att hon alltid kommit bättre överrens med killar, vilket störde många och blev orsak till mobbing. Fox har också sagt att i High School så var hon aldrig populär utan att alla hatade henne och att hon var väldigt utanför i den sociala gemenskapen i skolan. Megan har även sagt att hon hatade att gå i skolan och har aldrig trott på formell utbildning, och att den utbildning hon fick ändå inte verkade relevant.
Megan har varit väldigt öppen om sina problem med självförtroende och att hon lidit av självskadebeteende och tvångstankar under längre perioder. Hon kallar sig inte för en som skär sig men det finns många sätt att skada sig på både fysiskt och psykiskt. Hon har också haft komplex för att hennes naglar är väldigt korta då hon lider av en sjukdom som påverkar detta. Hon är en väldigt känslig person och känner många gånger att hon blir gjort till åtlöje. Men Fox har också sagt att hon kan vara aggressiv, dominerande, såra folk och har ett kontroll behov.
Fox har varit tillsammans med den amerikanske skådespelaren Brian Austin Green, sedan 2004 och de gifte sig 2010. Bröllopsceremonin var stillsam och tog plats på Four Seasons Resort på en ö i Hawaii. De har en son tillsammans som heter Noah Shannon Green, och Brian har även en son från en tidigare relation som heter Kassius. Trots att Megan Fox har haft det svårt under perioder i sin uppväxt så har hon lyckats väldigt bra och har fått många viktiga personliga erfarenheter under sin karriär.